祖国医学认为肛门为足太阳膀胱经所主，湿热容易聚于膀胱，故此处生痈，多为湿热下注而成，或因肛裂、内痔感染毒邪而发。如《外证医案汇编·肛痈篇》中说：“肛痈者，即脏毒之类也，始起则为肛痈，溃后即为痔瘘。病名虽异，总不外乎醉饱入房。膏粱厚味。”以上皆能使气血阻滞，湿热淤毒下注，致生肛痈。

    现代医学认为，90%的肛门直肠周围脓肿的发生与肛门腺感染、化脓有关。正常的肛门腺大部分位于内括约肌之间，平时分泌多糖粘液，有润滑粪便的功能。当细菌从肛门腺导管开口部逆行侵入时，可引起肛隐窝炎症。进一步发展，肛隐窝炎继续扩散，使肛腺管水肿阻塞，引起肛腺发炎；若再向外扩散，形成肛管直肠周围炎，这一阶段为脓肿的前驱期。因炎症继续发展，感染化脓，则形成肌间隙脓肿，又称为中央间隙脓肿。这种脓肿的脓液可沿着肛门括约肌各层的肌间隙蔓延，形成各种脓肿。经肛管皮下蔓延，可形成肛管皮下脓肿；经外括约肌皮下部及浅部之间蔓延，可形成肛门旁皮下脓肿；经肛门外括约肌深、浅两部之间蔓延，可形成坐骨直肠窝脓肿；沿内、外括约肌之间向上蔓延，到直肠纵肌与环肌间，可形成高位肌间脓肿或骨盆直肠间隙脓肿；向下蔓延，可形成低位肌间脓肿或肛门后间隙脓肿或坐骨直肠窝脓肿等。此外还可以由淋巴管向各处间隙扩散，形成各种脓肿。

    另外，肛裂、直肠炎、直肠狭窄、克隆氏病、内外痔、肛门直肠损伤等都能引起脓肿。而营养不良、贫血、糖尿病、结核、痢疾等使身体虚弱、抵抗力下降，又都是致病的诱因。肛门脓肿常见的致病菌有葡萄球菌、链球菌、大肠杆菌、绿脓杆菌、结核杆菌、产气夹膜杆菌和厌氧菌等。主要的病菌为脆弱类杆菌和其它类杆菌，其次为消化球菌属、消化链球菌及梭状芽胞杆菌。